Caro Gonçalo, boa tarde.
No caso que apresenta, tratando-se de formação para trabalhadores da farmácia, teria de ser a farmácia, como empresa, a ter uma metodologia de formação, da qual fizesse parte um modelo de dossier técnico e pedagógico, que suportasse a emissão dos certificados.
Tratando-se de formação para o público em geral, utilizando as instalações da farmácia não há qualquer certificação possível, a não ser que a farmácia "integrasse" as formações, caso em que teria de proceder como descrito no parágrafo anterior.
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