Olá, lamento saber que esteve doente e que a sua entidade patronal lhe descontou três dias no seu ordenado. Segundo o Código do Trabalho, as faltas por motivo de doença são justificadas mediante a apresentação de atestado médico ou certificado de incapacidade temporária. No entanto, as faltas por motivo de doença determinam a perda de retribuição, salvo se outra coisa for estabelecida por instrumento de regulamentação coletiva de trabalho. Isto significa que o empregador pode descontar no salário do trabalhador os dias em que este faltou por motivo de doença, a menos que exista um acordo coletivo que preveja o contrário.
Pelo que entendo, no seu caso, se colocou baixa médica de três dias, o empregador pode descontar-lhe esses três dias no ordenado, mesmo que só tenha faltado um dia ao trabalho. A baixa médica implica que o trabalhador está incapacitado para o trabalho durante o período indicado pelo médico, independentemente das suas folgas ou horários. Se tivesse colocado baixa médica apenas pelo dia em que faltou ao trabalho, o empregador só lhe poderia descontar esse dia.
No entanto, se tiver um contrato coletivo de trabalho que preveja o pagamento das faltas por motivo de doença, ou se tiver um seguro de saúde que cubra essa situação, pode reclamar o pagamento dos dias descontados junto do empregador ou da seguradora. Para isso, deve apresentar os comprovativos da baixa médica e do contrato coletivo ou do seguro de saúde.
Espero ter esclarecido a sua dúvida.