Cara Maria João, boa tarde.
O trabalhador que está de baixa por motivo de doença adia o gozo de férias que deve ser efetuado aquando regresso ao trabalho e marcado por acordo com o empregador (na falta de acordo prevalece a "vontade" do empregador).
Como o subsídio de férias é pago, por norma, no mês que antecede o gozo do maior período de férias (normalmente os "15 dias" consecutivos), quando o trabalhador está de baixa prolongada, com o contrato suspenso, não deve recebê-lo.
O pagamento dos subsídios de férias (que deixou de gozar) e de Natal relativos ao período de baixa, deve ser requerido à Seg. Social sob forma de "Prestações compensatórias", conforme descrito na página
seg-social.pt/subsidio-de-doenca
do site da Seg. Social (último separador horizontal).