Caro jjmoura, boa tarde.
Relativamente à aplicação de descontos/tributações ao valor das ajudas de custo, podemos sugerir-lhe que contacte a AT - Autoridade Tributária e Aduaneira (Finanças) pelo nr. 707 206 707, nos dias úteis das 08h30 às 19h30. Quando ligar tenha consigo o Número de Identificação Fiscal (NIF).
Relativamente à "legislação aplicável", em qualquer caso que haja acordos coletivos de trabalho, estes sobrepõem-se na generalidade à regulamentação geral do trabalho (Código do Trabalho), a não ser em casos de exceção, devidamente regulamentados.