Olá, eu não sou um advogado, mas vou tentar responder com base nas informações que disponho.
Segundo o Código do Trabalho, a entidade patronal pode descontar os dias de baixa médica do subsídio de Natal, independentemente da duração da baixa. No entanto, o trabalhador tem direito a receber uma prestação compensatória da Segurança Social, que corresponde a uma percentagem do valor dos subsídios de férias e Natal que não recebeu ou que não tinha direito a receber por ter estado de baixa médica.
A percentagem da prestação compensatória depende do motivo da baixa médica. No caso de ter estado de baixa médica e a receber o subsídio de doença, tem direito a 60% do valor dos subsídios de férias e Natal. Isto, desde que a entidade empregadora não lhe tenha pago os mesmos ou não tenha o dever de o fazer.
Para pedir a prestação compensatória, deve aceder à Segurança Social Direta e preencher o formulário online. O pedido deve ser feito até ao final do mês de janeiro do ano seguinte ao da baixa médica.
Espero ter esclarecido a sua dúvida.