Caro Allexander, boa tarde.
O horário de trabalho é definido pelo empregador e aceite pelo trabalhador quando assina o contrato de trabalho. O empregador pode/deve definir os intervalos para refeições. Aquilo a que chama "pausas de refeição a horas impróprias" está previsto pelo Código do Trabalho em vigor (Lei 7/2009 de 12 Fevereiro) como sendo pausas obrigatórias para descanso e/ou refeições, por exemplo. Chamar "almoço" e "jantar" às pausas a que é obrigado será, de facto, estranho, mas se fazem parte do seu horário de trabalho, deve cumpri-las. Chame-lhes "pequeno almoço" e "lanche" e já não será, certamente, tão estranho.