Caro Luís, boa tarde.
Antes de "avançar para tribunal" sugerimos-lhe que escreva uma carta (que envia por correio registado e com aviso de receção) à entidade que lhe está a pedir o pagamento das propinas.
Deve expor o caso e apresentar provas de ter efetuado a transferência (se possível, anexe fotocópias de tudo), dizendo que foi, na altura em que efetuou a transferência, informado dos procedimentos por parte dos serviços competentes e que os cumpriu, não havendo qualquer referência à necessidade de "cancelamento de matrícula" por parte dos mesmos serviços e que, por isso, solicita o anulamento da cobrança de propinas.
Guarde para si uma fotocópia da carta depois de assinada/datada. A esta fotocópia deve juntar o registo de envio e, posteriormente, o aviso de receção (quando o receber).
Apenas depois de receber uma resposta deverá "partir para a justiça", e em caso da resposta não ser de seu agrado. Neste caso, uma vez que não lhe podemos garantir prontamente que ganha o processo judicial, sugerimos-lhe que consulte um advogado que, na posse de todos os factos, o poderá ajudar a perceber "quais as hipóteses".