Cara Cláudia, boa tarde.
O trabalhador receberá 25% + 25% e não 50%.
O valor das ajudas de custo deve ser pago "fora" de recibo de remuneração, uma vez que as ajudas de custo não são consideradas como remuneração, não "acumulando" com outros montantes pagos ao trabalhador, nomeadamente o subsídio de refeição que é considerado complemento à remuneração.