Boa noite Fernanda,
O empregador do setor privado é livre de acordar com os trabalhadores o valor que paga pelas deslocações, quando estas são feitas em veículo próprio. O valor de referência do setor público é apenas isso, de referência, não sendo obrigatório no setor privado. Os trabalhadores, ao assinarem o contrato de trabalho expressam a sua concordância com os valores pagos.
O ser "por fora da folha de salário" não é ilegal, desde que existe forma de registo que estas ajudas de custo são pagas ao trabalhador.
As alterações ao horário de trabalho, assim como a redução do valor de remuneração inicialmente acordado aquando assinatura de contrato devem ser de comum acordo, ou seja, para haver alterações o trabalhador deve concordar com elas.