Cara Andreia, boa tarde.
O que queremos dizer é que , se apenas é feita referência ao CCT em matéria de horário de trabalho, apenas esta cláusula é válida para os trabalhadores.
É, no entanto, estranho, a referência a um CCT apenas numa matéria, invalidando o restante CCT, uma vez que estes instrumentos são feitos para regular a atividade de determinado setor, globalmente, no que respeita à relação entre trabalhadores e empregadores. Poderia ser interessante averiguar a validade legal dessa referência a um IRCT apenas numa matéria no contrato individual de trabalho...