Cara Spicki, boa tarde.
Nestas circunstâncias nada lhe garante que não venha a ter faltas injustificadas, uma vez que não se apresentou ao trabalho no dia/hora supostos. Caberá ao empregador (na pessoa que decide, como diz) decidir o que será aplicável no seu caso. Nada é garantido. No entanto, e para reduzir a possibilidade de vi a ter faltas injustificadas, o melhor será obter da companhia aérea que tinha marcada para domingo à noite, uma declaração em como o avião não fez o voo naquela data/horário devido a condições climatéricas adversas que colocavam em perigo a segurança do avião e passageiros. Quanto ao desconto dos dias, à partida apenas serão descontados os dias de falta e não os de folga.