Retornar a baixa médica

Bom dia, coloco aqui esta questão a qual nunca me aconteceu.
Estive 6 meses de baixa até ao passado dia 10 de Outubro, no dia 11 (2º feira) retornei ao trabalho após alta médica.
No entanto devido à carga excessiva de trabalho tive uma recaida na 4ºfeira, dia 13 de Outubro, e o médico de trabalho enviou carta de recomendação ao médico de familia para que fosse retornada a baixa.
O médico de familia passou a baixa com o dia 11 de Outubro visto que o problema subsiste.
A empresa segundo informação recolhida hoje, vai-me pagar os 3 dias que me apresentei ao trabalho (dia 11,12 e 13 de Outubro).
Ficando estes dias colocados entre o periodo de prorrogação da baixa, gostaria de saber o que fazer perante a Segurança Social.
Existe um periodo de "experiencia" que se pode voltar ao trabalho e no caso de o problema subsistir poder se retornar à baixa sem perda dos direitos que até então estavam agregados (caso de já estar a receber 70% do valor diário)?
Terei que avisar a Segurança Social da situação que ocorreu?
O valor pago por estes 3 dias por parte da Entidade Patronal serão que ser devolvidos à Segurança Social, não interferem com o valor que me será atribuido pela SS, ou será automaticamente devolvido.

Sei que são algumas questões, mas infelizmente não encontrei legislação que me possa elucidar esta situação.

Deve enviar para a Segurança Social o triplicado do papel da baixa (CIT - Certificado de Incapacidade Temporária) que o médico de família lhe passou, tal como se fosse uma primeira baixa. Recebe os 3 dias de remuneração pela empresa e depois serão retomadas as prestações por doença da Segurança Social.