Cara Maria Soares, boa tarde.
O procedimento correto seria prolongar a baixa até que a médica considerasse que está apta a retomar a atividade laboral, sendo as férias adiadas para quando retomasse o trabalho.
A baixa médica adia o gozo de férias, não o "retirando". Assim, o trabalhador que não está apto a trabalhar deve permanecer de baixa até ter alta pelo seu médico assistente, sendo posteriormente retomados os seus direitos, nomeadamente no que respeita a gozo de férias.
Para efeitos de contabilização e pagamento de dias de férias em ano em que o trabalhador esteve de baixa prolongada, veja a informação em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-dias-de-ferias.html
Se, porventura, não houver gozo de férias até 30 Abril do ano seguinte ao da retoma da atividade laboral, dever-lhe-ão ser pagos os dias de férias não gozados e o respetivo subsídio.