Caro José, boa tarde.
Se a empresa tem seguro, será o médico da seguradora a determinar a incapacidade. Depois, o trabalhador deve remeter a documentação da seguradora para a Seg. Social a fim de requerer a atribuição de prestações por incapacidade para o trabalho. Se a empresa tem o regime geral da Seg. Social, então será o médico assistente/de família que determina a incapacidade, sendo necessário enviar a documentação para a Seg. Social.