Cara Patrícia,
A trabalhadora grávida está protegida no desemprego (não pode ser despedida) se tiver uma situação contratual sem termo. Se tiver um contrato a termo, o empregador poderá comunicar a não intenção de renovação de contrato por caducidade do mesmo. Ou seja, se o contrato terminar em determinada data (durante a baixa do trabalhador), o empregador pode não renovar o contrato visto o trabalhador estar de baixa, independentemente da origem da baixa (pode ser uma gravidez).
Não terá que ir trabalhar no "intervalo" de dias em que "não tem baixa", se se confirmar que vai continuar de baixa. Neste caso, deve enviar tão rápido quanto possível para o empregador, assim como para a Segurança Social, o comprovativo do "prolongamento" da baixa. Atenção que o prolongamento deve ter início no dia imediatamente a seguir ao do término da baixa anterior, para não ter problemas. Caso isto não aconteça, poderá vir a ser acusada de faltas injustificadas.