Podem ser feitas alterações contratuais, desde que ambas as partes estejam de acordo com as mesmas e fique escrito em adenda ao contrato de trabalho (que deve ser novamente assinada por ambas as partes, tal como o contrato).
Poderá fazer o pedido de alteração para categoria inferior, porque o empregador não pode fazer essa alteração de sua iniciativa, sendo que o empregador tem de aceitar para que o acordo se firme (ambas as partes devem ler e assinar a adenda).
Na sua questão concreta, não podemos garantir que a "justificação médica" seja válida (ou aceite) para justificar "exercer funções inferiores às da (sua) categoria", sendo que "Se (lhe) disserem que (lhe) têm de cortar no vencimento", o que nos parece bastante provável, cabe-lha a si a decisão.
Sugerimos-lhe que, mais uma vez, consulte a ACT para garantir que fica a saber exatamente quais os seus direitos neste caso concreto, uma vez que poderá ser prejudicada na negociação.