Olá Carla, boa tarde.
Uma primeira nota para clarificar que se designa de "baixa prolongada" aquela que é superior a 30 dias. Apenas no caso de baixas prolongadas, ou seja, superiores a 30 dias sequenciais, o trabalhador tem direito a 2 dias de férias por cada mês trabalhado no ano em que retoma atividade.
Ora, no seu caso não há nenhuma baixa prolongada, sendo que estão a "roubar-lhe" dias de férias.
A falta entre 22 e 31/12 (admito de 2011) faz com que, em 2012, apenas tenha direito a 22 dias de férias anuais, sem majoração de 1 a 3 dias.
A falta entre 1/1 e 16/1 (admito de 2012) faz com que, em 2013, apenas tenha direito a 22 dias de férias anuais, sem majoração de 1 a 3 dias.