Olá, boa noite.
Efetivamente, se o seu horário de trabalho é de 2ª feira a sábado e termina as suas férias na 6ª feira tem de se apresentar ao serviço no sábado, visto ser um dia de trabalho para si. Se acordou com o empregador que, nos casos em que termina as férias a uma 6ª feira não tem que se apresentar ao serviço no sábado, então o empregador não pode descontar-lhe meios dias.