Não estamos certos de perceber a pergunta... À partida, o empregador não pode alterar as condições contratuais negociadas individualmente com o trabalhador, e assentes em contrato assinado por ambas as partes, sem que haja acordo entre as partes. Ver mais em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...oes-contratuais.html
No entanto, se há uma alteração de horário, esse deverá passar a ser o horário vigente, sem "descontos" do que quer que seja, muito menos de horas "passadas".