Cara Vera, boa tarde.
A isenção de horário aplica-se ao seu contrato de trabalho na generalidade, na medida em que esteja disposta no contrato. A definição de dias "fixos" ou de horário "fixo" dentro da "isenção geral" deverá ser o resultado de acordo entre as partes.
Relativamente ao prémio de produtividade, havendo tratamento diferente entre colegas, cabe-lhe a si a decisão de voltar a "reclamar" a sua parte ou de pedir uma justificação quanto ao incumprimento por parte do empregador. Sendo alvo de "ameaças", como refere, poderá decidir expor a situação a um advogado ou à ACT, no sentido de saber como poderia proceder em caso de querer "chatear-se" com o empregador.
O "aproveitamento" do empregador do setor privado face às decisões do governo para o setor público não é "ilegal", e acontece relativamente a outras componentes da remuneração e subsídios concedidos aos trabalhadores, pelo que não haverá nada a fazer nesta matéria.
Pode incomodar à vontade, desde que saibamos como ajudá-la, estamos cá para ser incomodados 
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Cumprimentos,
Beatriz Madeira