Caro paulop2009, boa tarde.
Em princípio, o tempo das deslocações deverá ser contabilizado para efeitos de tempo de prestação de serviço.
Existem alguns indicadores de que assim seja, mas a legislação laboral em vigor (
Código do Trabalho
em vigor aprovado pela Lei 7/2009 de 12 Fevereiro, com alterações posteriores, disponível) não dispõe nesta matéria, deixando para os empregadores do setor privado a decisão de incluir/excluir as horas de deslocação na remuneração do trabalhador.
Poderá ler sobre esta matéria no artigo que encontra em
Ajudas de Custo e Subsídios de Alimentação/Refeição e Viagem
(as referências que encontra são respeitantes à Administração Pública).