Revogação contrato atrasado

Bom dia.

Estou numa situação muito complicada, que a seguir explicarei. Agradeceria o máximo de ajuda possível que me pudessem prestar.

Estou com contrato no Exército. Completei no dia 31 de Julho 3 anos, e, como tal, seria a renovação/revogação do contrato.
Neste ano, entrei na faculdade e, a tempo, falei com a secretaria para revogar o contrato, ao que me foi aconselhado colocar o requerimento de renovação com pedido de transferência de unidade ou, caso não houvessem vagas, a revogação do referido contrato.
Até aqui, tudo bem. O problema começa a partir daqui. A secretaria de pessoal enviou o meu processo para a direcção devida, onde decidem as transferências e a renovação ou revogação dos ditos, 10 DIAS APÓS O TÉRMINO do meu contrato.
Com isto, dizem-me que o meu contrato foi renovado automaticamente e que, para me ir embora, tenho que rescindir e que tenho que cumprir os dois meses de indemnização.
Pergunto, isto é legal? Podem eles obrigar-me a cumprir dois meses de indemnização quando o problema com a revogação foi da parte deles mesmos? Quais são os meus direitos nesta situação?
Estou a desesperar porque, um mês após contrato, ainda aqui estou, sem resposta deles e tenho a faculdade a iniciar em duas semanas.
Desde já agradeço toda a ajuda prestada.

Caro Ricardo Ribeiro, boa tarde.

Tratando-se de uma situação da maior urgência, com uma "falha" da parte dos serviços administrativos, sugerimos-lhe vivamente que consulte um advogado a fim de obter boas orientações para a resolução do seu caso.