Voltar a meter baixa após junta médica

Olá boa tarde, tenho uma tendinite do supra-espinhoso à esquerda
Estou de baixa desde o dia 20-07-2016 sendo que ando a fazer tratamentos como fisioterapia, onde fui a duas juntas médicas e nanso me deram alta, metendo então os papéis para a doença profissional visto que sou costureira e mal posso desempenhar a minha profissão.
Gostava de saber se mesmo me dando alta posso voltar a meter baixa novamente visto que não tenho condições de exercer a minha profissão
Fico aguardar resposta o mais brevemente possível
Obrigada