Faltei a junta medica por nao ter sido notificado

Boa tarde
Se possivel gostava de ser esclarecido .
Estou de baixa desde junho de 2016.em finais de setembro foi notificado que faltei a uma junta medica que devia ter decorrido a 8-7-2016.como tal meu subsidio de doença foi cortado.No mesmo dia dirigi-me á s.social da miha cidade onde entreguei pessoalmente uma carta a justificar a falta,visto que nunca recebi nenhuma notificaçao.
Agora pergunto eu:
-Apesar de ter justificado a falta irao repor o pagamento do subsidio até proxima junta medica.?
Sei que pagamentos pendentes só irâo ser pagos se a junta der continuidade á minha baixa
-Terei que repor os pagamentos que já recebi se junta medica der alta?