CIT e atestado médico

Bom dia. Afim de esclarecer a minha situação venho mais uma, vez pedir ajuda. Trabalho nesta firma desde dia 1 de Fevereiro de 2005. O meu horário de trabalho é de segunda a sexta, com folgas ao sábado e domingo. Estive doente durante mais de duas semanas.
Tenho atestado médico de dia 21 a 23 de Janeiro e baixa médica de 26 de Janeiro a 04 de Fevereiro. Quantos dias tem a entidade patronal de me descontar e como??
No mês de Janeiro foi-me descontado 5 dias por "baixa da caixa" e no mês de Fevereiro 5 dias por "baixa da caixa" e 3 dias por "falta justificada" que penso ser as do atestado médico. Não recebi um único dia de subsidio de refeição em Fevereiro e penso que por engano não foi processado.
Agradeço desde já a vossa ajuda mas como é um entidade externa que faz o processamento de salários acho que nem eles apesar de anos de experiência, não sabem muito bem o que fazer e como.

Cara Helena Amaro Eleutério, boa tarde.

De acordo com o que nos diz, as contas são estas:
3 dias de atestado médico em Janeiro (21 a 23 Janeiro 2015)
8 dias de baixa/CIT (26 Janeiro a 4 Fevereiro 2015)

Parece-nos, de facto, ter havido um erro no cálculo dos dias faltados. Pelo que nos diz, foram contabilizados um total de 13 dias de faltas justificadas quando, na verdade, apenas faltou 11 dias.

Quanto ao subsídio de refeições, apenas deveria ter sido retirado o valor equivalente aos dias em falta, e não o mês completo.