Cara Lia, bom dia.
Os dias da baixa não são descontados nas férias, o que acontece é que os dias de férias são contabilizados de forma específica em ano de contratação que, no seu caso, ainda acresce uma baixa prolongada (com mais de 30 dias consecutivos).
Para saber como deve contabilizar os seus dias de férias e quando os pode gozar, sugerimos-lhe a consulta do artigo que encontra em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-dias-de-ferias.html