No caso é o empregador que tem razão, apenas devem ser pagos os subsídios (de turno, de refeição, de caixa, etc...) quando o trabalhador está, efetivamente, a prestar serviço. Os subsídios são algo que complementa a remuneração, sendo que não tem lugar o seu pagamento num dia em que o trabalhador não está ao serviço da empresa. Informações sobre trabalho por turnos e trabalho noturno em
sabiasque.pt/subsidio-de-turno.html