Caro vitor3011, boa tarde.
Temos dúvidas no seu caso, uma vez que não existe um contrato escrito, o que equivale a uma situação de trabalhador efetivo (contrato sem termo), e que o horário de trabalho apenas existe por acordo verbal.
Por norma, e na ausência de qualquer comprovativo (como seja o contrato), o trabalhador deve trabalhar 40h/semana mas, no seu caso, existe um acordo verbal que define um horário diferente.
A questão das baixas e consequente "retirada" de prémio (pelo que percebemos, prometido devido à carga horária superior às 40h semanais) leva ao incumprimento por parte do empregador, mas que é baseado apenas num acordo verbal.
Na situação específica, sugerir-lhe-íamos que consultasse um advogado, uma vez que tudo está baseado na palavra de uns e de outros e que poderá ser difícil de encontrarem um "meio-termo" que valha a ambos, sem conflitos que tornem impossível continuar na empresa.
A consulta ao advogado seria no sentido de expor a situação e de obter informação que lhe possibilitasse decidir sobre formas de atuação que não levem ao conflito "aberto". Não pretendemos que "o advogado vá falar com a empresa", mas sim que obtenha a informação sobre possíveis soluções e formas de atuação para resolver o problema sem conflitos.