Atestado médico - isenção de horário

Bom dia.
No meu trabalho actual faço turnos rotativos de 24horas, e frequentemente faço horários noturnos. Há pouco tempo foi-me diagnostico uma doença crónica, está controlado de momento, mas informaram-me que as rotações de horário e fazer horas noturnas irá agravar a doença. Partindo do presuposto que a minha empresa não é nada colaboradora com estas situações. O que posso fazer? apresentar algum tipo de atestado? existe alguma lei que me ajude nesta questão?
Obrigada pela atenção

Boa tarde.
Muito obrigada pela ajuda.
Não é uma doença profissional, é uma doença crónica mas não resulta do trabalho.