Cara/o santini, boa tarde.
Não se trata de um procedimento/atraso específico relativo à Função Pública, mas sim de um atraso "normal"... Sugerimos que faça algum "barulho", ou seja, escreva cartas a todas as entidades envolvidas, relatando os fatos e os prazos, solicitando rapidez no tratamento do seu processo e reposição dos valores em dívida. Solicite respostas escritas com indicação dos prazos de pagamento previstos. Caso venha a obter respostas que não satisfazem os seus objetivos, poderá "envolver" a Provedoria de Justiça - contactos em 
    www.provedor-jus.pt/?idc=34
 - a quem relata, mais uma vez, os fatos e os prazos, as entidades envolvidas e as respostas obtidas. A esta entidade solicita a verificação dos prazos de pagamento e a "exigência" de reposição das despesas efetuadas por si no decurso do acidente de trabalho e respetiva recuperação.