Cara Maria, bom dia.
Digamos que não podem ser retiradas "regalias" negociadas individualmente e adquiridas pelo trabalhador, em termos remuneratórios ou outros, sem a aprovação dele. Se se tratasse de uma situação em que há uma comunicação institucional da empresa que afeta todos os trabalhadores, então a abordagem seria diferente, mas parece-nos tratar-se de uma situação que a envolve a si, individualmente.
Quanto à isenção de horário de trabalho, sendo retirado o pagamento, tem o direito a cumprir o horário de trabalho negociado aquando contratação, sem a isenção. Passa a cumprir estritamente o seu horário de trabalho, aquele que está no seu contrato, sem "ligar" à componente da isenção, uma vez que deixou de lhe ser paga. Ou seja, não faz horas extraordinárias a não ser que lhe sejam pagas.
Quanto ao carro, é difícil responder-lhe, uma vez que não podem, simplesmente, "tirar-lho". O empregador deveria ter negociado consigo as condições de alteração destas duas componentes da sua remuneração, sendo plausível que lhes solicitasse o pagamento de um subsídio de transporte como forma de compensação por ficar sem o "seu" meio de transporte.
Agora, vamos supor que as duas coisas estão ligadas. O carro poderia estar a ser justificado com a isenção de horário, uma vez que este se estenderia além de um "horário normal" e seria necessário deslocar-se "fora de horas". Uma vez retirada a isenção, também o carro deixaria de ser justificável. Mas nada disto poderia ter sido feito sem negociarem consigo os termos das alterações que menciona.
Sugerimos-lhe vivamente que consulte um advogado porque podemos estar a falar de uma situação em que está a perder uns (valentes) euros sem que isso seja compensado. e em que os seus direitos como trabalhador não estão a ser cumpridos.