Caro Jomalopes, boa tarde.
Se as faltas tiveram a "anuência do (s)eu chefe" e se, como diz, obteve sempre a devida autorização para "sai(r) mais cedo", então as faltas não podem ser descontadas ou, pelo menos, deveriam ter sido descontadas na altura.
O empregador tinha obrigação de informá-lo que iria ter um registo de falta injustificada e que essa falta seria descontada no ordenado, para que lhe fosse possível perceber que isso iria acontecer sempre que saísse mais cedo e poder optar por parar, ou continuar, a sair mais cedo.
Para se aconselhar melhor, deixamos-lhe a sugestão de que contacte a ACT - Autoridade para as Condições no Trabalho(1) ou um advogado, no sentido de saber quais os seus direitos neste caso.
(1) Contactos da ACT - Autoridade para as Condições no Trabalho:
1. Presencialmente nas Lojas do Cidadão (nem todas têm atendimento da ACT) - ver localidade/morada, Presencialmente nos Centros Locais - ver serviços desconcentrados e Online por escrito em
portal.act.gov.pt/Pages/Contactos.aspx
4. Pelo número 707 228 448, nos dias úteis das 9h30-12h30 e das 14h00-17h30