Cara Lu, boa tarde.
Por norma, o trabalhador apenas recebe o subsídio de férias quando goza as mesmas. No caso de uma situação de baixa, os valores referentes aos meses em falta deverão ser pagos pela Seg. Social. Assim, deverá solicitar à Seg. Social as "Prestações compensatórias" de subsídio de férias relativas ao período de baixa, conforme descrito na página
www.seg-social.pt/subsidio-de-doenca
do site da Seg. Social (último separador horizontal).