Caro Pedro Santos, boa tarde.
Por norma, se o trabalhador se encontra incapacitado para o trabalho por motivos de doença, então as férias são adiadas e, também por norma, a serem gozadas logo imediatamente a seguir ao término do período de baixa, ou seja, termina a baixa e entra de férias. Não tem alta a meio das férias, tem baixa até quando for e depois goza as férias a que tem direito. Convém, no entanto, confirmar com o empregador que o vai fazer, porque este poderá querer alterar o seu período de férias (e tem direito de fazê-lo).