Periodo de experiencia entre baixas médicas

Bom dia ou boa tarde a todos!
Estive 6 meses de baixa e na passad 2º feira retornei ao trabalho.
Acontece que ontem 4º feira tive uma recaida que me obrigou inclusive a ser prestado auxilio médico no hospital.
O médico de trabalho enviou uma carta ao médico de familia para que a baixa fosse retomada.
A empresa diz que me vai pagar os 3 dias que estive ao serviço.
O que gostaria de saber é o que fazer perante a Segurança Social, visto que apesar de a baixa ser prorrogada, houve um regresso ao trabalho.
Existe um periodo em que se pode estar à "experiencia" e que é permitido voltar à baixa sem se perder os direitos?
Como é que esses 3 dias remunerados vão interferir na atribuição do Subsidio por Doença?

Agradeço desde já a vossa ajuda.

Nuno Santos

Deve enviar para a Segurança Social o triplicado do papel da baixa (CIT - Certificado de Incapacidade Temporária) que o médico de família lhe passou, tal como se fosse uma primeira baixa. Recebe os 3 dias de remuneração pela empresa e depois serão retomadas as prestações por doença da Segurança Social.