Caro Nuno,
A não renovação de contrato de trabalhador que se encontra de baixa é muito frequente. O facto de estar de baixa não constitui motivo impeditivo de despedimento, sobretudo tratando-se de contratação a termo certo. É muito fácil não renovar este tipo de contrato porque não tem que haver justificações.
Em casos de contratos a termo certo, em que é possível a não renovação a curto prazo, o empregador opta (normalmente) por não renovar o contrato de um trabalhador que está ausente do seu posto de trabalho. Afinal, ele precisa de produzir para que o seu negócio sobreviva.
Não quer isto dizer que aconteça na sua situação, mas o empregador é que decide.
Quanto aos seus direitos, ver prazos e direitos em caso de caducidade de contrato de trabalho a TERMO CERTO em /trabalho/legislacao/565-caducidade-de-contrato-de-trabalho-a-termo-certo.html .
Ficamos ao dispor.
A equipa Sabias Que
