Caro diogo_dias, boa tarde.
Esta situação poderá estar relacionada com o facto de, para contabilização/pagamento de dias de férias nos anos em que o trabalhador esteve de baixa, aplicar-se a "regra" dos 2 dias de férias, igual ao do ano da contratação.
Nesta matéria sugerimos-lhe a leitura do artigo que encontra em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-dias-de-ferias.html