Cara clamafil, boa tarde.
A resposta é negativa. A trabalhadora com licença por risco clínico na gravidez tem direito às férias "por inteiro", ou seja, não lhe devem ser descontados dias de férias anuais, uma vez que o período da licença conta como "prestação efetiva de trabalho".
O artigo 65 do Código do Trabalho em vigor (aprovado pela Lei 7/2009 de 12 Fevereiro e disponível em
sabiasque.pt/codigo-do-trabalho.html
) diz que "Não determinam perda de quaisquer direitos, salvo quanto à retribuição, e são consideradas como prestação efectiva de trabalho as ausências ao trabalho resultantes de: a) Licença em situação de risco clínico durante a gravidez; (...).".