Caro Bruno Soares, bom dia.
Os duodécimos relativos às férias são pagos pelo empregador aquando gozo de férias do trabalhador. Relativamente ao pagamento dos duodécimos relativos ao subsídio de Natal, deverá requerer à Seg. Social as "prestações compensatórias", conforme descrito nas páginas
www.seg-social.pt/subsidio-de-doenca
ou
www.seg-social.pt/subsidio-parental
do site da Seg. Social (último separador horizontal).
Quanto à perda de férias, para efeitos de contabilização/pagamento de dias de férias nos anos em que o trabalhador esteve de baixa, aplica-se a "regra" dos 2 dias de férias, igual ao do ano da contratação. Ver a informação completa no artigo que encontra em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-dias-de-ferias.html