Cara CMSANTOS, boa tarde.
A resposta é afirmativa, qualquer entidade poderá despedir um/a trabalhador/a desde que cumpra os requisitos legais. No seu caso um possível/eventual despedimento nunca poderá ser justificado pela ausência prolongada por motivo de gravidez, licença, amamentação ou outros motivos relacionados com a maternidade...