Caro Alberto Rodrigues, boa tarde.
Por norma, o procedimento "regular" quando se trata de uma baixa prolongada, superior a 30 dias, é a suspensão do contrato de trabalho. Ou seja, o empregador comunica à Seg. Social que se suspende o contrato de determinado trabalhador por motivo de baixa, entre X e Y data. Isto significa que, durante o período temporal indicado, aquele empregador não fará quaisquer descontos relativos ao trabalhador em causa.