Caro Rui, bom dia.
Caso exista alguma cláusula no seu contrato de trabalho que restrinja de alguma forma a sua atividade empresarial enquanto individuo, não poderá proceder ao aluguer. Se não houver qualquer tipo de "exclusividade" contratual, à partida poderá alugar partes da sua casa. No entanto, sugerimos-lhe que obtenha um parecer formal nesta matéria, junto de um advogado. Pode parecer excessivo, mas os advogados sabem bem as "alhadas" em que nos podemos meter... Leve o seu contrato de trabalho e aproveite para esclarecer as questões contratuais e fiscais e as formas de contratualização dos alugueres, de forma a que não venha a ter problemas mais tarde.