Cara Attinas, boa tarde.
Uma vez que as partes (empregador e trabalhador) estiveram de acordo relativamente à alteração de horário, deve ser feita uma adenda ao contrato inicial que reflita essa mesma alteração, assinada por ambas as partes. Os recibos de remuneração constituem prova da alteração, sim, mas deveria haver um documento escrito e anexo ao contrato (não um "novo" contrato).