Caro/a Rmrr, bom dia.
Sendo o transporte assegurado pela empresa, o trabalhador tem o dever de aceitar aquele que é definido pelo empregador. Poderia exigir que fosse avião se isso tivesse ficado estabelecido por acordo (verbal ou escrito).
Poderá, no entanto, tentar negociar com a empresa. Se fizer contas à deslocação de carro, poderá propor à empresa encontrar um bilhete de avião mais barato.