Caro Carlos Costa, boa tarde.
À partida, para o empregador poder reter UMA PARTE do seu salário e/ou subsídios, isso deveria estar escrito em contrato ou em regulamento interno da empresa.
Verifique se, no seu contrato de trabalho, há alguma cláusula referente a "danos" ou a situações similares, e o que está definido. Se houver uma cláusula que protege o património da empresa, então deveria estar igualmente definido qual a percentagem do valor em que o trabalhador é responsável.
Se não houver qualquer tipo de salvaguarda, então o melhor será contactar a ACT de forma a informar-se de como se processam este tipo de situações, podendo salvaguardar "oficialmente" que o empregador não lhe retém TODO o seu vencimento de uma só vez.
Ainda há uma outra questão a acrescer... "danificou" a empresa de propósito, ou foi um "acidente"? Mais uma questão para colocar à ACT, se não houve intenção, então poderá vir a não ser considerado responsável. Se "danificou" de propósito, então sim, deverá pagar.