Caro João Silva, boa tarde.
As despesas que indica como sendo custeadas pela empresa são aquelas a que, por lei, o empregador está obrigado.
Se a sua questão se refere a ajudas de custo, num empregador do setor privado em Portugal, então a aplicação destas depende da política interna da empresa, não havendo obrigatoriedade de pagar este suplemento aos trabalhadores.