Cara Joana Ramos, boa tarde.
À partida, o empregador paga os subsídios de férias e de Natal por opção. Se não o fizer, será o sistema de apoio social, no seu caso, a seguradora, que deve fazê-lo, mas isto depende do tipo de seguro contratado pelo seu empregador.
Se o empregador lhe pagou os subsídios porque assim decidiu fazê-lo, não há porque "corrigir a situação", mas terá de esclarecer isto com o empregador.
Caso o empregador tenha, efetivamente, pago "erradamente" esses valores, então o melhor será combinarem uma forma de devolução do montante pago.