Cara Patrícia Amaral, boa tarde.
O empregador pode efetuar o "desconto" dos dias em que o trabalhador falta, o que dependerá da política interna relativamente a esta matéria.
Aquilo que diz: "devolveram-me uma percentagem", é o valor relativo à compensação referente à baixa por assistência a filho menor que, como poderá verificar na página
seg-social.pt/subsidio-para-assistencia-a-filho
do site da Seg. Social, no separador "Qual a duração e o valor a receber", é de 65% da Remuneração de Referência (RR), explicada na página indicada.