Caro Tiago Martins, bom dia.
O trabalhador tem direito a subsídio proporcional às férias que goza em cada ano. A baixa médica não lhe retira direito às férias mas, sendo superior a 30 dias (baixa prolongada), condiciona a 2 dias de férias por cada mês completo trabalhado no ano em questão. Assim, deverá receber proporcionalmente aos dias de férias a que virá a ter direito após o término da baixa.