Efetivamente, uma vez que existe uma situação de baixa, o empregador deveria suspender o pagamento de prestações complementares à remuneração, como é o caso do subsídio de férias.
Atenção que deverá solicitar à Seg. Social as "Prestações compensatórias" de subsídio de Natal e/ou férias relativas ao período de baixa/licença, conforme descrito nas páginas
seg-social.pt/subsidio-de-doenca
ou
seg-social.pt/subsidio-parental
do site da Seg. Social (último separador horizontal).